Die Papst-Johannes-Schule bietet allen Schülerinnen und Schülern der Mittel- und Oberstufe die Möglichkeit an einer Arbeitsgemeinschaft ihrer Wahl teilzunehmen. Diese findet im Rahmen der wöchentlichen Unterrichtszeit donnerstags im 3. Block parallel in allen Klassen der teilnehmenden Stufen statt. Die Schülerinnen und Schüler bekommen einen Wahlzettel mit einer Erst- und Zweitwahl. Die AG ist grundsätzlich für ein ganzes Jahr verbindlich. Es gibt die Wahlmöglichkeit zwischen Bewegungs- und Ruhe sowie hauswirtschaftlichen und kreativ-handwerklichen Angeboten. Mit der freien, interessengeleiteten und selbstständigen Auswahl einer Arbeitsgemeinschaft stärken die Schülerinnen und Schüler die Entwicklung und Entfaltung eigener Interessen und Fähigkeiten. Die Arbeitsgemeinschaften bieten die Möglichkeit Freizeitgestaltung anzubahnen und zu erlernen.
Seit dem Jahr 2000 gibt es an der Papst-Johannes Schule eine bzw. mittlerweile drei Tanz AG´s. Zu Beginn eines Schuljahres haben alle Schülerinnen und Schüler die Möglichkeit, sich anzumelden und zunächst probeweise dreimal daran teilzunehmen. Wenn sie sich für eine Teilnahme entscheiden, ist diese verbindlich für ein ganzes Schuljahr. In einem Nachmittagsblock finden die zwei Tanz AG´s der Mittel/Ober- und Berufspraxisstufe statt und in einer Mittagspause die Tanz AG der Unterstufenschüler/innen.
Die Fußball AG wird sowohl in der Unterstufe, Mittelstufe, Oberstufe, als auch Berufspraxisstufe angeboten. In vielen Fällen auch stufenübergreifend. In der Unterstufe steht die Freude an der Bewegung im Vordergrund. Mit zunehmenden Fähigkeiten und Alter der Spieler finden regelmäßige Turniere statt. Sowohl mit anderen Förderschulen, aber auch, im Sinne der Inklusion, mit anderen Grundschulen in Münster im Rahmen der Stadtmeisterschaften statt.
Die Theater-AG wurde 2012 gegründet. Unter der Leitung der Dipl.Theaterpädagogin Annette Knuf entwickelt sie gemeinsam mit den Ensemblemitgliedern jedes Jahr ein neues Theaterstück.
Sie besteht aus 8-12 Kindern und Jugendlichen der Mittelstufe, Oberstufe und Berufspraxisstufe und wird jeweils für ein Schuljahr gebildet – nach Möglichkeit mit einem erfahrenen Stamm von Mitwirkenden. Die stufenübergreifende Theaterarbeit ermöglicht es den jüngeren SpielerInnen, sich langsam mit der Theaterarbeit vertraut zu machen. Dabei helfen die erfahreneren SpielerInnen mit ihrem Mut Neues auszuprobieren, ihrer Auftrittserfahrung, ihrem Ideenreichtum und ihrer Sicherheit, Spiel und Wirklichkeit auseinander zu halten.
Geprobt wird z.Z. im kleinen Speisesaal, wobei die Tische an die Wand geschoben werden - der kleine Vorflur dient als Off-Fläche - jeweils donnerstags von 14- 15.30Uhr.
Die Endproben wie auch die 1-2 Aufführungen vor der ganzen Schule finden auf der Bühne im Bürgerhaus Kinderhaus statt. Zur Aufführung werden jedes Mal auch die Eltern der SpielerInnen und externe Klassen der Grund- und Realschule eingeladen. Nach Möglichkeit wird jährlich ein Ausschnitt bei der „Schulkultur der Kinderhauser Schulen“ auf selber Bühne dargeboten.