Die Papst-Johannes-Schule bietet allen Schülerinnen und Schülern der Mittel- und Oberstufe die Möglichkeit an einer Arbeitsgemeinschaft ihrer Wahl teilzunehmen. Diese findet im Rahmen der wöchentlichen Unterrichtszeit donnerstags im 3. Block parallel in allen Klassen der teilnehmenden Stufen statt. Die Schülerinnen und Schüler bekommen einen Wahlzettel mit einer Erst- und Zweitwahl. Die AG ist grundsätzlich für ein ganzes Jahr verbindlich. Es gibt die Wahlmöglichkeit zwischen Bewegungs- und Ruhe sowie hauswirtschaftlichen und kreativ-handwerklichen Angeboten. Mit der freien, interessengeleiteten und selbstständigen Auswahl einer Arbeitsgemeinschaft stärken die Schülerinnen und Schüler die Entwicklung und Entfaltung eigener Interessen und Fähigkeiten. Die Arbeitsgemeinschaften bieten die Möglichkeit Freizeitgestaltung anzubahnen und zu erlernen.