In der Schülervertretung kommen alle Klassensprecher und deren Vertreter der Papst-Johannes-Schule zusammen und können an der Gestaltung des Schullebens mitwirken. Dabei vertreten sie die Interessen ihrer Mitschülerinnen und Mitschüler. 

Jede Klasse der Mittel-, Ober- und Berufspraxisstufe wählt zu Beginn eines Schuljahres ihren Klassensprecher und dessen Vertreter. Gemeinsam mit den Klassensprechern der anderen Klassen bilden sie die Schülervertretung. Begleitet wird diese von zwei SV-Lehrern, die von den Klassensprechern aus dem Kollegium der Schule gewählt werden. Außerdem wählt die Schülervertretung in ihrer ersten einberufenen Sitzung einen Schulsprecher und dessen Vertreter aus den Reihen der Klassensprecher. Die Aufgabe des Schulsprechers ist die Interessenvertretung aller Schülerinnen und Schüler und die Repräsentation der Schülerschaft bei offiziellen Veranstaltungen. 

Die SV-Sitzungen folgen einer Tagesordnung. Jede Klasse kann durch ihre Klassensprecher Anliegen und Wünsche in diese Tagesordnung mit einbringen. Die Mitglieder der Schülervertretung besprechen in ihren Sitzungen verschiedene Anliegen, suchen Lösungen und stimmen über sie ab. 
Inhaltliche Schwerpunkte sind: 

- Interessen der Mitschülerinnen und Mitschüler
- Beschwerden, Wünsche und Anliegen aus den Klassen
- Probleme oder Konflikte besprechen
- schulinterne Veranstaltungen mit organisieren

Die Klassensprecher tragen die Ergebnisse der Sitzungen in ihre Klassen weiter. Diese können dort beispielsweise im Klassenrat besprochen werden. Außerdem wird über jede Sitzung ein Protokoll geführt, dass an alle Klassen verteilt wird. 

Die SV-Lehrer sind darüber hinaus Ansprechpersonen für alle Schülerinnen und Schüler der Schule bei Problemen, Konflikten und Fragen.